1- Ciddi allergik reaksiyalar meydana gətirə bilər: bu allergik reaksiyalar yalnız yüngül bir qaşıntı ya da dəri problemi şəklində ola bilər, amma bəzən vəziyyət daha ağır ola bilər.

2- Qaraciyər funksiyalarını poza bilər: qaraciyərin funksional analizləri adı verilən qan analizləri bu əks təsirləri yoxlaya bilir. Qaraciyərdə problemi olan insanlar antibiotiklərdən uzaq durmalıdır.

3- Böyrək çatışmazlığına səbəb ola bilər: böyrəklər üzərində toksik təsirlər yaradaraq orqan çatışmazlığına təkan verir. Kəskin böyrək çatmazlığının ən az beşdə biri istifadə edilən dərmanlar səbəbiylə inkişaf edir.

4- Antibiotik əlaqəli ishala yol aça bilər: adətən bağırsaqlarda 400-dən çox bakteriya növü var və bunlar xəstəlik yaratmır, əksinə fayda verirlər.

Antibiotiklərin​ istifadəsi bu normal floradakı bakteriyaların ölməsinə və beləliklə fürsətçi bakteriyaların törəmələrinə mühit hazırlayır və beləliklə ishal meydana gələ bilər.

5- Obeziteyə səbəb ola bilər: son illərdə aparılan araşdırmalar göstərir ki, xüsusilə körpəlik və uşaqlıq dövrlərində antibiotiklərin​ istifadəsi​ piylənməni gücləndirir.

6- Bağırsaq sisteminə ziyan verə bilər: ishaldan başqa, ürək bulanması​, qusma, qarın ağrısı kimi, həzm sistemi problemləri yarana bilər.